保健体育では体育実技とダンスを6年間通して学びます。また、中3と高2では保健を学習します。
実技では少ない時間の中で出来るだけ多くの運動に関わりながら、生涯スポーツも意識し、体力・健康の増進を図っています。また、「スポーツの約束事(ルール)は社会生活にも通じる」ことを学習し、「たくましく生きる力を身につける」ことも目標にしています。中1・2の武道では『合気道』を行います。稽古では相手を投げようとか、勝とうとか思うのではなく、お互いの気持ちを合わせて同化すること、こころの落ち着かせ方、相手と向かい合うための礼儀を学んでいきます。
山脇学園ではダンスを大切にしています。ダンスを身体を通した表現活動のひとつと捉え、ダンスを創作し、仲間の作品を鑑賞するこころを学びます。様々なリズムを身体を通して楽しむことも体感します。
体育祭では学年の200人を超す仲間とともに、リズムダンスの発表をします。特に中3での『メイポール』は生徒が選ぶ曲を使いながら、欧州地方のフォークダンスを体験します。また高3の『ペルシャの市場にて』の曲を使用したダンスは、半世紀以上踊り継がれている山脇ならではのダンスです。
保健科目も身体活動と併せて学習していきます。こころとからだの成長著しい中学・高校の時期に自分の健康や環境の変化に向き合うことは重要です。中3では、教科書を中心として、自分のこころの葛藤や適応機制、救急法、喫煙やアルコールの害などを勉強します。高2では、環境問題や臓器移植などの社会的な課題とともに女性のライフサイクルの課題を考えます。女性のからだで起こる妊娠・出産、教科書では扱っていない不妊や女性特有の疾病など将来の健康生活に役立つような学習をしていきます。